Den totala kostnaden för inköp, installation, driftsel och underhåll av shuntsystemet brukar kallas systemets livscykelkostnad, LCC (Life Cycle Cost).
Figur 1. Livscykelkostnad för ett shuntsystem
Vanligtvis utgör inköps-, installations- och underhållskostnaden för shuntsystemet bara en mindre del av den totala livscykelkostnaden, medan energikostnaden för att driva cirkulationspumpen står för en betydligt större andel. De exakta förhållandena beror på vilka komponenter man väljer att utrusta shuntsystemet med och framförallt om man väljer en oreglerad eller varvtalsstyrd pump. För att nå en så låg livscykelkostnad som möjligt är det därför viktigt att fokusera på att minska cirkulationspumpens energiförbrukning.
Ett shuntsystem i vilket anslutningsutförandet är väl anpassat till anläggningen i övrigt, minimerar behovet av extra rördragning runt shuntsystemet och ger därför en lägre installationskostnad än ett shuntsystem med mindre flexibelt anslutningsutförande. Notera även att kombishuntsystem oftast ger lägre installations och driftkostnad än motsvarande konventionella shuntsystem.
Shuntsystemets underhållskostnad består i huvudsak av kostnader för service av pump och ställdon.